Les axes stratégiques de la recherche à l'INRA couvrent:

- La caractérisation, la préservation et la valorisation des ressources naturelles;

- L’amélioration de la productivité, la compétitivité et la durabilité de la production agricole;

- L’amélioration de la qualité, la valorisation et la diversification des productions végétale et animale;

- L’analyse de la demande sociale des systèmes de production et des politiques agricoles liées au développement régional et local.

- Sur le plan opérationnel, ces axes sont déclinés en un ensemble de programmes de recherche complémentaires classés en deux principaux groupes, à savoir :

- Les programmes régionaux de recherche conçus pour mieux répondre aux besoins des différentes filières de production et pour couvrir l’ensemble du territoire national avec ses divers agrosystèmes; 

- Les programmes thématiques à portée nationale qui ont plutôt une connotation horizontale servant à l’ensemble des agrosystèmes et des filières de production.