L’identification de l’Agrobacterium peut se faire soit par les méthodes classiques à savoir les caractères biochimiques, sérologiques et le test du pouvoir pathogène sur plantes indicatrices. L’utilisation de la chromatographie en phase gazeuse est une méthode récente qui date des années 1990. Elle a été utilisée au Maroc pour la caractérisation des Agrobacterium isolés à partir des sols, tumeurs et plantes de pépinières sans symptômes. Une collection a donc été réalisée en utilisant des milieux spécifiques englobant 35 souches de la collection du laboratoire de phytobactériologie, 7 souches de référence isolées d’Allemagne, France et Grèce, 19 souches récentes isolées de tumeurs de pommier et pêcher, et 23 souches isolées de plants de pépinières sans symptômes à partir du pommier, pêcher, prunier, abricotier, amandier et rosier, et à partir des sols d’amandier et abricotier. Le chromatographe, acquis dans le cadre de la GTZ, est programmé et étalonné pour identifier les Agrobacterium suivant des profils étalons du biovar 1, 2 et 3. La méthode permet d’identifier 82 échantillons à la fois en une nuit. Elle a permis d’identifier les Agrobacterium de collection de référence et ceux isolés à partir des plants sans symptômes. C’est une technique fiable et répétitive. Cependant, elle ne permet pas de distinguer les Agrobacterium pathogènes de ceux non pathogènes. Le passage par les inoculations de plantes indicatrices est obligatoire. Cette technique est très valable dans un programme d’amélioration variétale pour le dépistage des Agrobacterium. D’autres techniques d’accompagnement tel que le dépistage par les techniques de biologie moléculaire à savoir l’identification des pTi des Agrobacterium pourrait être complémentaire. Ce travail retrace l’itinéraire technique et la méthodologie à suivre pour l’identification des Agrobacterium.

Les souches bactériennes d’Agrobacterium, agent du crown-gall, issues de tumeurs de rosacées fruitières et du rosier ont été isolées, en comparaison avec des milieux spécifiques des biovars 1 et 2 classiques et du milieu Malonate/Glutamate additionné de téllurite. Les résultats obtenus s’avèrent intéressants pour ces milieux. Mieux encore, la préparation du MG+tellurite est plus facile et les colonies d’Agrobacterium sont reconnaissables à leurs caractères morphologiques de couleur noir. Il permet aussi l’isolement des Agrobacterium des deux biovars. L’identification biochimique des Agrobacterium nécessite habituellement plusieurs tests. Le présent travail vise à simplifier le nombre des tests sans modifier la nomenclature de cet agent bactérien. Il a été réalisé dans le cadre du projet INCO-CG financé par l’union Européenne. Ce travail a été conduit sur une collection de 305 souches d’Agrobacterium isolées de différentes rosacées fruitières et rosier au Maroc en utilisant 3 tests (au lieu de 10) à savoir l’ Uréase et aesculine, pour identifier les Agrobacterium, et le 3-Cétolactose pour distinguer les biovars 1 et 2. Les résultats confirment ceux de Mougel et al. (17) et Nesme (18) du Laboratoire d’écologie microbienne de l’Université Claude Bernard de Lyon.