تشمل المحاور الاستراتيجية للبحث في المعهد الوطني للبحث الزراعي ما يلي:

  • توصيف الموارد الطبيعية وحفظها وتعزيزها؛
  • تحسين إنتاجية الإنتاج الزراعي وتنافسيته واستدامته؛
  • تحسين إنتاجية الإنتاج الزراعي وتنافسيته واستدامته؛
  • تحسين نوعية المنتجات النباتية والحيوانية وتثمينها وتنويعها؛
  • تحليل الطلب الاجتماعي لنظم الإنتاج والسياسات الزراعية المتعلقة بالتنمية الجهوية والمحلية.

وعلى المستوى العملي، يتم تقسيم هذه المحاور إلى مجموعة من البرامج البحثية التكميلية المصنفة في مجموعتين رئيسيتين هما:

  • برامج البحوث الإقليمية الرامية إلى تلبية احتياجات مختلف قطاعات الإنتاج على نحو أفضل وتغطية كامل التراب الوطني بمختلف نظمها الزراعية؛
  • البرامج الموضوعاتية الوطنية التي لها دلالة أفقية إلى حد ما بالنسبة لجميع النظم الزراعية وسلاسل الإنتاج.